Gerd Müller wurde an der TH Karlsruhe in Mineralogie/Kristallographie promoviert. Er hatte dann 13 Jahre lang industrielle Positionen bei der Schott AG inne, die letzten drei Jahre als Präsident einer Tochtergesellschaft in den USA. Danach wurde Gerd Müller auf eine Professur an der TH Darmstadt und später an der Universität Würzburg berufen. Hier hatte er zugleich die Leitung des Fraunhofer Instituts für Silicatforschung und über einige Jahre auch die des Fraunhofer Instituts für Betriebsfestigkeit in Darmstadt inne. Er war Mitglied des Präsidiums der Fraunhofer Gesellschaft und des Kollegiums Materialwissenschaft der DFG.
Gerd Müller trat 2006 in den Ruhestand. Er ist seit 2007 Mitglied des Comité Carnot der Agence Nationale de la Recherche, Paris, und seit 2012 Mitglied des Conseil d’Administration und des Comité Scientifique der Fondation de la Maison de la Chimie, Paris.